醫院污水處理后，要達到GBl8466－2005中的排放標準，就必須采用二級污水處理工藝(即生物處理)+消毒，若排往地表水體的醫院還需進行脫氯處理。在二級污水處理的各種工藝中，根據目前醫院已有的構筑物場地(醫院都存在兩個問題：l、以前都有一級處理設施。2、周圍沒有足夠的空地用于擴大污水站占地面積。)以及操作人員多為非專業技術人員，宜采用全自動控制的二段生物接觸氧化工藝+消毒+脫氯。這種工藝占地面積小，產生污泥量少，抗沖擊性好，全自動運行。為避免產生噪音，采用潛水曝氣機進行曝氣。兩段式生物接觸氧化工藝中，二沉池出水CODcr大去除率可達85％，BOD5大去除率可達92 5％：SS去除率大可達90 .9％，確保能達到排放標準。

醫院綜合污水首先通過格柵大的漂浮物、懸浮物被格柵攔截，格柵需定期清理，格柵有手動與自動兩種可供用戶選擇。污水從格柵池流出后進入調節池，調節池起到削減高峰、均化水質的作用。在調節池中安裝一臺潛污泵和一臺高密封性液位控制器，以及一臺潛水曝氣機。當池中水位達到高水位時，水泵自動開始工作，池中污水到達低水位時，系統自動停止運行。潛水曝氣機工作由微電腦時間控制器進行控制，定時自動起動對水質進行預處理。污水從調節池中進入一段生物接觸氧化池后曝氣系統開始啟動，對污水進行生物處理，池中設有懸浮填料可提高處理效率，處理后的污水自流入段生物接觸氧化池中進一步處理。處理后的污水自流入沉淀池中，池中設有斜板填料，可加速泥水會離。分離后的清水自流入接觸消毒池中，在進口上自動投入適量的二氧化氯消毒劑，消毒劑與污水接觸一小時后，進入脫氯池，在進口上自動加入脫氯劑，在池中進行脫氯處理然后排放，為了保證生化池中菌類的活性，曝氣機的控制采用雙回路控制，當污水站流入污水時自動起動工作；當污水站沒有污水流入時，由微電腦時間控制器控制定時工作。